apt-get install flac bchunk ffmpeg

ffmpeg -i INPUT.ape output.wav
bchunk -w output.wav INPUT.cue BASE_FILENAME
flac --best BASE_FILENAME*

ffmpeg -i file.flac file.wav

Пример разбиения одного файла WAV на несколько используя Cue Sheet:

apt-get install shntool

shnsplit -f file.cue file.wav

https://wiki.archlinux.org/index.php/CUE_Splitting

ffmpeg -i video.flv -i audio.flv -c copy output.mkv

https://superuser.com/questions/277642/how-to-merge-audio-and-video-file-in-ffmpeg

Converting audio file formats from .ape with .cue to .flac on linux