Для того чтобы добавить собственный обработчик протокола URL нужно:

• создать файл ПРОТОКОЛ.desktop
• с помощью команды xdg-mime добавить в ~/.local/share/applications/mimeapps.list ссылку на файл ПРОТОКОЛ.desktop

Пример для протокола FTP:

xdg-mime default ftp.desktop x-scheme-handler/ftp

~/.local/share/applications/ftp.desktop

[Desktop Entry]
Categories=Network;
Comment=FTP
Exec=filezilla
GenericName=FTP
Name=FTP
Type=Application
Terminal=false